提到源头创新，有两种意义上的概念：一种是纯基础研究的工作，它是在科研范畴内围绕科学发现开展的学术活动。对于这部分工作，国内外的组 织方式基本相同，以大学、科研机构为主体，按照科研活动的规律进行组织和管理。另一种是经济学意义上的源头创新，它以产业化为目标组织创新活动，最终的目 的是发展经济，提升国家竞争力。我们要讨论的是第二种源头创新（以下提到的源头创新皆指这类创新活动）。
围绕驱动产业发展的源头创新，发达国家和中国在组织方式上存在重大差别，并因此导致了完全不同的结果。
在发达国家，源头创新的组织重心放在市场主体，按照经济规律和市场法则进行管理，其资源配置、政策法律规范都围绕这个重心开展，其他科研组织都是市场主体的配角，因此从来没有所谓两张皮的问题，从而保证了源头创新目标的顺利达成和投入产出的高效率。
在 中国，由于源头创新工作是在计划经济向市场经济转轨的过程中起步和发展的，在市场主体还没有形成的情况下，源头创新的主体只能选择大学和科研机构并由此延 续下来。在市场主体逐步发展起来之后，企业也被纳入作为源头创新的主体，于是中国的源头创新形成了两类不同性质的主体。为了解决创新活动在不同的主体之间 的转换，我们设计了一套成果转化的机制：国家把大部分的资金投入到国有的大学和科研机构，然后通过一系列复杂的政策设计，推动成果向企业转移，最终达到产 业发展的目的。也就是说，源头创新的传统组织方式是把重心落在非经济组织上。于是，一系列问题来了:首先是评价体系的差异，国有科研院所按学术评价标准， 论文导向是评价标准的主要特色。有了论文可以评职称，可以多拿政府的钱，可以占有更多的科研资源。个人名利的实现都依赖于这套评价标准。科研工作者对政府 科研计划项目指南的关注远远超过对市场的关注。政府为了证明科研资金使用的有效性，甚至设立了自己主导的科技奖励体系来为这种资源配置制度背书，从而使这 种评价体系被逐步强化到难以撼动的地位。而作为经济组织的企业是遵循经济规律运作，评价的最终标准是市场。这导致两类主体在行为方式上出现南辕北辙的现 象。源头创新本质上是一种经济活动，但在传统体制下它的主要部分却被非经济的规则主导，这在逻辑上是说不通的。另一个严重的问题是，两种不同性质创新主体 在联接上存在着国有资产陷阱。因为实践中并没有什么成果转化的成功案例，这个问题似乎没有引起人们的关注。试想如果国有科研院所真的弄出了许多不得了的源 头创新成果，在转化过程中国有资产的评估和科研人员的利益分配机制将成为难以逾越的障碍。再有，传统的源头创新系统中，金融杠杆只能在创新链的后半部分才 有机会介入，它无法把资本的力量传导到原始创新的活动中去。所以我们这些年在中国看到的财富效应大都发生在商业模式创新和模仿创新上，前沿技术创新变成了 小圈子的自娱自乐，这和硅谷风险资本驱动源头创新的情形形成鲜明对比。
传统的源头创新组织方式是一个失败的模式，如果有人把近30年国家源 头创新的投入产出做一个实证研究，其中的低效率和资源浪费一定让人触目惊心。举几个简单的例子，华为、中兴在通讯领域中的崛起与政府在通讯领域的科研布局 没有太大关系（如果有的话也是在人才供给方面）；比亚迪等电池企业的发展与政府在电池领域科研布局也不存在多少关联；医疗器械、互联网等等，都存在这种情 况。数一数目前活跃在一线的创新公司，有那几家是成果转化起家的？最能说明问题的案例是：84年中科院与深圳市政府合作兴办深圳科技工业园，希望用成果转 化的模式带动深圳高技术产业发展，并为此设计了一系列配套政策。这也许是中国源头创新传统组织方式最大规模的实验。但十年之后总结园区发展成果时发现：深 圳好的高科技公司都在科技园外，中国最具实力的科研机构与市场化程度最高的城市，穷尽优惠政策换来的是一个完败的案例。这让时任中科院院长的周光召大为震 惊，95年5月，周光召为此专门在深圳科学馆召开园区外民营科技企业座谈会，逐一了解情况，结束时颇为感慨的讲了一句话：看来技术不是问题的关键，是制 度。遗憾的是，周光召老先生20年前总结的经验教训，20年后仍然需要重复。
中国科研布局长期背离产业发展的格局在改革开放的背景下竟然延 续了数十年，这是让人难以理解的现象。如果仅仅是有一群人在用纳税人的钱干自娱自乐的事情那也罢了，问题在于当国家科研投入逐年大幅度增加的情况下，这种 资源配置方式正在危及一线创新企业的生存，甚至导致整个创新系统的结构失衡。不止一个科技公司的高管向我抱怨，有些科研项目企业5年前就完成了，国家还在 作为重大项目立项，科研院所拿到国家数千万资金后通过同学、师生、老乡关系找到企业把他们的成果直接送去鉴定，然后分点小钱给企业。十多年前，华为、中兴 这类公司到一流大学招聘，几乎是一个班或整个年级拿下，现在十个人中有两个报名就不错了。优秀毕业生首选国有科研院所，其次是国企，然后才是民营科技企 业。这种资源配置方式的恶果是，它正在蚕食一线创新企业的人才供给渠道，用劣币驱逐良币。更有甚者，长此以往国家创新系统会结构失衡，在国家投入越来越多 之后，两张皮的问题反而更加严重，科研这张皮变得越来越厚，局部正在形成水泼不进的皮囊。
人们常常把华为作为源头创新的典范加以褒奖，但其 实它是从代理、制造、研发一步步从产业的最低端爬上高端，当华为成为国际大公司的时候，这个行业的周期也接近完成。尽管媒体经常欢呼源头创新捷报频传，但 从经济学意义上讲，中国在过去相当长的时间内没有什么源头创新的成功实践。
深圳在近年的实践为源头创新的组织方式提供了新的选择。他们的基 本做法是，把源头创新的组织重心放到经济组织，通过组建民办科研机构承接源头创新的上游创新活动，通过市场规则实现创新主体与产业和资本的无缝连接，形成 符合经济规律和市场法则的源头创新体系，一举突破了原有组织方式的困境，实现了创新的高效率。
中国源头创新组织方式上出现的重心错位加上财 政资金的投入强度越来越大，不仅扭曲了创新的生态，还导致很多的大学和科研院所成为名利场，伤及人才培养的基本功能。几年前，南方一所著名高校的一位有着 长江学者头衔的教授在饭桌上讲述他是如何以个人名义注册20家公司（其中19家是虚拟注册），拿到政府孵化器资助资金时，我真的被他吓到了。让我震惊的倒 不是他说出的事实本身，而是他和我素未平生却能以如此坦然的神态向我讲述这个事情，这表明此类事情在他的圈子里司空见惯并且被得到很大程度的认可。教授道 德如此沦丧，能培养出怎样的学生？事实上，这些年我接触到一些大公司的高层，都在抱怨毕业生的工程化能力越来越差，职业操守还要通过企业补课。
不仅如此，很多大学和科研机构拿完中央财政的钱之后，还以所谓成果转化的名义同地方政府、企业合作建立各类科研转化平台，但当我们仔细审视一下国内优秀的科技企业就会发现，没有几家是通过成果转化走出来的，成果转化在中国大多数情况下都是政府官员的秀场和科技玩家的赌场。
源 头创新传统组织方式的根本性缺陷在于把一个经济活动的组织重心放在了非经济组织中，针对中国源头创新传统组织方式的缺陷，也有人提出各种改进的办法，包括 把企业作为源头创新的主体，高校和科研机构作为配合，但这种设计存在两个问题：一是政府资金支持企业受到WTO规则的限制，二是国内能够承担源头创新工作 的企业数量太少。
在很长一段时间里，改变中国源头创新的组织方式看似一个无解的方程，直到华大基因“叛逃”事件的出现。华大基因团队本是中 科院从事基因研究的国家队，但当他们想把源头的创新成果在产业端去实现时，最终发现这个路径在实践上行不通。2007年，团队的带头人汪健按照“蓄谋已 久”的方案，毅然从中科院出走，来到深圳注册了一家民办的研究院。汪健的举动在当时形同从科研近卫军中叛逃落草为寇的举动。利用民政部门主管的民办非企法 律主体作为大型科研平台的载体，在国内这是头一家。但汪健迫于无奈的选择却意外开启了中国源头创新组织方式变革的一扇大门。华大基因在深圳的落户引起了当 地科协负责人的关注，认为这有可能带来科技体制新一轮的变革，并就此课题开展了跟踪研究。从2009年开始，深圳科协先后从海外引进光启超材料研究院、国 创新能源研究院、圆梦精密制造研究院等一批具有世界一流水平的团队，都采用了民办体制进行布局，这算得上是国内官方第一次主动布局民营源头创新平台的举 动。2011年，国内著名的经济学家、创新理论家陈清泰先生来深圳科协调研后，将深圳民办科研机构从事源头创新的经验形成报告呈送国务院领导，得到多位中 央领导批示，深圳民办科研机构板块开始进入中央政府的视野，2012年7月中共中央国务院举行的全国科技创新大会在北京召开，会议文件最后写进了鼓励发展 民办科研机构的条款，很多人忽略了这个细节，但这是民办科研机构第一次被纳入国家战略，使得这类新型科研机构后来在广东地区率先实现了政府科技资助的国民 待遇，有些民办机构甚至因为其创新的高效率在资源配置环节获得超国民待遇。
深圳民办科研机构的崛起为国家源头创新组织模式提供了全新的视 角：第一，社会力量兴办的公益性科研组织规避了行政对科研的干预，科学家团队按照科技规律、经济规律和市场规则自由创新，民办科研机构更多的表现为经济系 统内创新组织的特征，而不是行政系统内的科研组织，它们与产业和金融资本的结合变成了无缝联接，原来困扰人们的所谓两张皮问题被完全化解。民办科研机构最 基本的生存动力在于把东西做出来并获得市场的承认，不会出现论文导向、急功近利的现象。第二，官助民办的方式既发挥了中国政府组织动员能力的长处，又避免 了原来科研事业单位管得太死的毛病。由于组织重心从行政事业单位转向了经济系统的民办创新机构，投入产出的效率得到了极大的提升。华大基因研究院转制后， 把基础研究、应用研究到产业化在一个组织内实现了贯通，每年在《NATRUE》《SCIENCE》发表数十篇文章，形成十多亿产业化收入，成为在国际范围 内具有重大影响力的源头创新机构，体制机制的变化让同一个团队实现了完全不一样的产出。光启研究院落地深圳仅4年多时间，其专利申请量已经覆盖了超材料领 域全球专利的85%，打造了3家上市公司，从资本市场募得70多亿元人民币资金用于源头创新工作，这在传统体制是不可能做到的事情。
深圳的 实践为我们展现了中国源头创新组织方式变革的方向，如果这种模式能够纳入到国家科技体制改革的战略部署，将这一模式与战略性新兴产业发展予以衔接，会感召 众多国内外优秀科研团队加入到源头创新的队伍中，用新的机制高效创新，国家核心竞争力会在10年内上一个大的台阶。大学和国家科研院所能够更专注基础研究 和人才培养，国家创新生态也会逐步步入良性循环，有什么理由不试一试？