研究院由院长、执行院长、副院长、理事会和学术委员会构成。其中院长1名、执行院长1名、副院长2名；理事会设理事27名，其中理事长1名，副理事长若干名。研究院的最高决策机构为理事会，并设立学术委员会作为学术指导和顾问机构，院长负责研究院的日常运行工作，并定期向理事会汇报情况，日常工作由执行院长负责。

院长：陈清泰  国务院发展研究中心研究员，原党组书记、副主任
执行院长：刘涛雄  清华大学社会科学学院经济学研究所所长
副院长：周路明  深圳市科协原主席